Comme toute association, La CLEF est dirigée par un Conseil d’Administration (CA). Comme son nom l’indique, celui-ci est chargé d’administrer et de gérer l’association.

Au coeur des débats et des décisions, il se réunit régulièrement et aborde tous les sujets concernant la vie de La CLEF. Il se compose actuellement de 27 membres qui sont :

- 21 membres élus par l’Assemblée Générale pour 3 ans. Renouvelés par tiers tous les ans, ils disposent de la majorité au CA ;
- Le Maire et 5 membres représentant la Ville.

Émanant du CA, le bureau est une structure plus réduite, qui gère les dossiers au quotidien, avec le directeur et l’équipe de salariés. Il est composé du président, assisté de vice-présidents, d’un secrétaire général, d’un trésorier et d’éventuels adjoints. Il se réunit aussi souvent que nécessaire.